Antes de la expulsión de la Compañía de Jesús en 1767 había en Extremadura varios colegios de jesuitas. Después de la Restauración de la Compañía de Jesús en 1814, no hubo jesuitas en la región hasta el año 1871, en que se fundó una residencia en Badajoz con dos padres; aunque fuera poco, la Compañía de Jesús, desde un punto de vista de estrategia apostólica, quería hacer algo en una región tan extensa y tan relativamente abandonada como era entonces Extremadura. Esta preocupación apostólica de los jesuitas, es, por parte de la orden, uno de los factores que más facilitaron la fundación del Colegio en Villafranca. El otro factor fue la insistente petición de los extremeños. Uno y otro factor se manifestaron claramente antes de la fundación del Colegio de Villafanca.
Podemos dividir la historia del Colegio de Villafranca en seis periodos. Esta división responde a características o acontecimientos significativos para el Colegio en cada una de sus épocas.

Se extiende desde 1876, año en que D. Alonso Ceballos escribió a los superiores de la Compañía de Jesús su primera petición de un Colegio de jesuitas en Villafranca; hasta 1897, año en que se inaugura una parte importante del nuevo Colegio.
Entre 1876 hasta 1893, tiene lugar la negociación de las condiciones y necesidades que deberían ser cubiertas para el nuevo colegio. La Compañía desea fundar en Extremadura en las mejores circunstancias y tantea, durante estos años, las distintas peticiones y posibilidades de diferentes poblaciones. Será la insistencia de D. Alonso Ceballos junto a las donaciones, primero de Dª María Josefa Ovando y posteriormente de Dª Dolores Domínguez, lo que posibilite la creación del Colegio en 1893, el considerado como verdadero año fundacional. El día de San José, 19 de Marzo de 1893, se inauguró oficialmente el Colegio, con carácter provisional en una casa en la Calle Hernán Cortés 1, que albergaría el Colegio durante cuatro años, mientras se construía el edificio actual. En septiembre de 1897 fue posible inaugurar el nuevo Colegio y recibir a los alumnos para dar inicio al curso 1897-1898; a cargo de todo se pondrá el P. Curiel, el primer rector de Colegio.

Dura desde el curso 1897-1898 hasta el curso 1930-1931.
Son años donde se van asentando los distintos pilares que sostienen el Colegio: la comunidad de jesuitas, los alumnos interno, los planes de estudios, el ministerio apostólico y las actividades sociales en el pueblo, como la Escuela Nocturna de Adultos.
Al P. Curiel, en este periodo le sucederían los siguientes rectores: P. Aicardo (1898-1900), P. Pagasartundúa (1900-01), P. Lara (1901-04), P. de la Torre (1904-15), P. Socorro (1915-20), P. Aicardo (1920-24), P Jiménez (1924-26), P. Marquéz (1926-35)

En esta época se vivió la dramática historia del Colegio al hilo de los acontecimientos en España desde 1931 hasta 1940: la II República, el destierro de los jesuitas, la incautación del Colegio, la apertura, en él de un Instituto de Segunda Enseñanza, la continuación del Colegio en la ciudad portuguesa de Extremoz entre Febrero de 1932 y junio de 1936, la Guerra Civil, la devolución del Colegio a los jesuitas, su utilización parcial como Hospital de Sangre Marroquí.
Los rectores en este periodo fueron: P. Márquez (1926-35) en Estremoz y el P. Jiménez (1935-39) en Portugal, primero, y, luego, en Villafranca.

Comprende desde el curso 1939-40 hasta el curso 1967-68, el 19 de Marzo de 1968 se cumple el 75º aniversario del, Colegio.
España, en estos años crece y evoluciona y el Colegio naturalmente acusa estos cambios, tal vez de un modo especial porque al ser una institución de religiosos experimenta también las influencias del Concilio Vaticano 11 y de las Congregaciones Generales 31 y 32 de la Compañía de Jesús. Hay también innovaciones importantes en la legislación educativa.
En 1943 se celebran las bodas de oro del Colegio (50º). Participaron los Antiguos Alumnos, cuya asociación se había fundado en 1940. 25 años después se celebra el 75º aniversario del Colegio. Al final de este periodo empieza a observarse la entrada en el Colegio de alumnos con pocos medios económicos que estudian con beca.
Fueron rectores del Colegio en estos años: P. Arceo (1939-42) y (1957-62), P. Prieto (1943-49), P. Periago (1950-53). P. Beláustegui (1954-56), P. Pego (1963-68)

Abarca desde el curso 1968-69 al año del centenario 1993.
En este periodo se aprecia, aunque resulte tópico decirlo, un espectacular acelerón histórico, particularmente en España; el régimen democrático, el avance del secularismo, los grandes cambios en la política mundial, las nuevas leyes en lo educativo y un largo etcétera, que repercute y se vive en el Colegio con cambios más rápidos que en ninguna de sus épocas anteriores.
El Colegio en esta época se concierta con la Administración Pública en los niveles de Primaria y secundaria, ofreciendo una enseñanza y unos servicios de calidad a todo tipo de alumnos Se consolida un régimen de becas que subsana en parte las deficiencias que el sistema educativo público tenía en ese momento, permitiendo que estudien alumnos que otra forma no lo hubieran hecho.
Fueron rectores del Colegio en esta época: P. Matilla (1968-74), P. Cano (1974-80), P. Sánchez del Nozal (1980-86), P. Peñaranda (1986-92), P. Jiménez Abbad (1992-1998).

Desde 1993 hasta el día de hoy.
Esta es la época en que los seglares se implican más en la vida del Colegio y se nombra director del mismo a D. Manuel Montanero. También se crea el internado femenino. En los últimos años comienzan a organizarse cursos de idiomas en verano y hay un claro empeño en acercar el Colegio, tanto a la sociedad más cercana como al extranjero. Aires nuevos, para tiempos nuevos.
Fueron rectores del Colegio en esta época: P. Jiménez Abbad (1992-1998), P. Matilla (1998-2001).